The server slows down, how to determine and eliminate the cause?

Question

linux

Сегодня в 11:30 на сервере появились тормоза, скрипты стали работать в 5-10 раз медленнее (никаких кардинальных изменений не вносилось). Временами отпускает, все возвращается на короткое время в норму, потом снова все начинает тормозить.
По статистике в Munin есть подозрение, что это из-за сетевой активности, но точно не могу сказать, нужна помощь знающего человека.
Какие нужны скриншоты и данные, чтобы понять в чем дело?
Данные с atop:

Данные htop:

Данные netstat из munin (спецэффекты начались с 11:30):

Answer 1

Побуду кэпом, тормозит apache2
Что в access/error логах? Возможно получился DDoS вместо поиска уязвимостей ботом.
Сколько не 200х ответов за последние сутки?
На всякий случай покажите iotop, htop по F5 с апачем

Answer 2

iotop -oka

Answer 3

По скрину видно загрузку по диску + 1 зомби процесс. Думаю стоит начать копать с этой стороны. И не совсем понятно с какого перепугу ntpd попал в вывод. Уж его то там не должно быть точно. Атака на ntp, наскол ко я помню, пользовалась популярностью не так давно.
Попробуйте проанализировать трафик на внешнем интерфейсе.

Answer 4

Для начала избавьтесь от мунина, он жрет, как не в себя(что у вас в htop хорошо видно). Мониторить нужно ПО для этого предназначенным, а не подобными глюкавыми поделками, откройте для себя заббикс. Ну или хотя бы временно пристрелите мунина, что бы посмотреть.

Answer 5

Где работаешь? Не слышал про атаку ЦРУ, АНБ?